W latach 1375-1466 przeprowadzono w Toruniu spisy inwentarzy, z których dziś możemy się dowiedzieć, że na zamku istniały: szatnia, zbrojownia, kuszarnia, stajnia komtura, młyn, piwnica, piwnica konwentualna i piwnica komtura. Magazynowano sprzęt liturgiczny oraz żywność: zboże, mięso, sól, ryby. Wnętrza zamku były wyposażone w instalacje grzewcze i sanitarne, dostarczające maksimum wygód.
Prawdopodobnie w II połowie XIV w. po wschodniej stronie zamku, na terenie podmokłym za gdaniskiem powstała grobla, a wraz z nią brama nazwana menniczą. Usypanie grobli pozwoliło na spiętrzenie wody i powstanie stawu nazwanego stawem komtura. Oprócz komtura zarządzającego całym terytorium, w zamkach krzyżackich istniała jeszcze funkcja wicekomtura tzw. komtura domowego zajmującego się administracją i zaopatrzeniem samego zamku. Pozostali bracia zakonni dzielili między siebie rozmaite funkcje, takie jak: piwniczy, mincerz, ogrodnik, zarządca zbrojowni, młynów, lasów itp. Administracja zakonu była scentralizowana i niezwykle biurokratyczna. Zachowane do dziś krzyżackie księgi rachunkowe dowodzą, że kancelarie konwentów prowadziły sprawozdawczość i rachunkowość na poziomie niespotykanym w Europie. Zamek toruński był jednym z istotniejszych punktów strategicznych władzy zakonnej.