Kaplica toruńskiego konwentu krzyżackiego powstała prawdopodobnie w latach 60. XIII stulecia. Znany jest list odpustowy biskupa warmińskiego i legata papieskiego Anzelma z 1263 r. mówiący o odpuście dla wszystkich, którzy wspomagają braci przy budowie nowej kosztownej kaplicy.
Prace nad jej wznoszeniem, a zwłaszcza wykończeniem trwały niewątpliwie długo i mogły ciągnąć się nawet do lat 80. lub 90. XIII stulecia. W kaplicy celebrowano nie tylko msze św., ale i liturgie godzin. W jej skład wchodziło: wezwanie odmawiane na początek liturgii w danym dniu, godzina czytań odmawiana o dowolnej porze, jutrznia – wedle tradycji o wschodzie słońca, modlitwa w ciągu dnia, wieczorne nieszpory oraz kompleta przed snem. Z liturgii godzin zwalniani byli bracia pracujący albo podróżujący poza domem. Nie obowiązywała także w polu.