W roku 1454 w wyniku szeregu przyczyn polityczno-gospodarczych rozpoczęła się wojna trzynastoletnia, której celem stało się przyłączenie do Korony Polskiej ziem zakonu krzyżackiego. Na początku lutego tegoż roku Tajna Rada Związku Pruskiego podjęła decyzję o wypowiedzeniu posłuszeństwa władzy krzyżackiej i poddaniu się Polsce. Efektem tej decyzji, w większości miast państwa zakonnego, wybuchły bunty mieszczan. Ośrodki władzy w miastach czyli zamki opanowano i zniszczono. Toruń, jako pierwsze z miast, wszczął bunt i już 7 lutego 1454 roku mieszczanie toruńscy podjęli atak na zamek. Niestety nie przyniósł on żadnych rezultatów. Po nieudanym szturmie rozpoczęło się oblężenie i ostrzał zamku od strony Wisły oraz Starego, Nowego Miasta i tzw. wolnizny zamkowej. Nie wyrządził on Krzyżakom praktycznie żadnej szkody, co prawdy wybuchły pożary na przedzamczu, ale wywołali je sami bracia zakonni.

Nieliczna załoga krzyżacka zaskoczona wydarzeniami postanowiła, mimo wszystko, bronić zamku, na ostrzał odpowiadano artylerią zamkową, skierowaną w stronę obu miast. Do obrońców dołączyli uciekinierzy z miasta czyli urzędnicy krzyżaccy, nieliczni zakonnicy, garstka rycerzy w służbie Zakonu. Liczba obrońców nie przekraczała 200. Na zamku znajdowało się także dwóch księży. W trakcie oblężenia Krzyżacy prowadzili z mieszczanami negocjacje. Początkowo komtur zamku Albrecht Kalb odmówił poddania się, jednakże z braku żywności, środków do obrony (brak prochu, bełtów do kusz) oraz ucieczki przez mury zamkowe części przysłanych przez wielkiego mistrza rycerzy, poddał zamek 8 lutego 1454 roku. Prawdopodobnie decyzję o poddaniu zamku przyspieszyła wiadomość, że rycerze zaciężni wynajęci przez torunian szykowali się do decydującego szturmu właśnie 8 lutego. Po zdobyciu krzyżackiej siedziby mieszczanie przystąpili do niszczenia zamku. Wieżę wysadzono. Jej elementy zwaliły się w kierunku zachodnim. Po dziś dzień można zobaczyć jej części wchodząc na dziedziniec. W ciągu kilku miesięcy przy pomocy opłaconych przez miasto cieśli, murarzy, robotników zamek główny i część przedzamcza rozebrano. Zostawiono jedynie Gdanisko, szpital i kilka innych budowli takich jak np. młyny. Zamek główny uległ praktycznie zniszczeniu, w niektórych miejscach rozebrany nawet do poziomu piwnic, które to zasypano później gruzem. Cegły z rozbiórki posłużyły jako budulec. Wkrótce Rada Miasta Torunia podjęła decyzję, aby pozostałości zamku stały się miejscem wysypywania śmieci.