Po zniszczeniach dokonanych w 1454 roku teren zamku ulegał ciągłym przebudowom. Od strony zachodniej, prawdopodobnie krótko po zburzeniu zamku powstała tzw. Fosa Strzelecka. Nazwa wzięła się od nadania mieszczanom zezwolenia wydanego przez króla Kazimierza Jagiellończyka używania Fosy do ćwiczeń strzeleckich (funkcjonowała ona jako strzelnica aż do 1906 roku). W 1484 roku wykorzystując bliżej nieokreślone budynki w narożu południowo-zachodnim powstał Dwór Bractwa Św. Jerzego zwany też Dworem Mieszczańskim (zachował się do naszych czasów). Ów Dwór wzniesiony został z rozbiórkowej cegły zamkowej. Po roku 1454 na tzw. obniżeniu północnym funkcjonowały nadal dwa młyny Górny i Dolny. Dolny stał się w XVII wieku siedzibą królewskiej mennicy. W latach 1588-1589 pozostałości murów zamkowych zinwentaryzował Fryderyk Vroom i przedstawił opinię na temat wykorzystania ich w systemie obronnym Torunia.

W 1591 ówczesny burmistrz Torunia Henryk Stroband przedstawił na spotkaniu Rady Miasta plan zamiany murów zamku w bastion obronny. W 1592 król Zygmunt III Waza zezwolił na reperację i przystosowanie murów tak, aby spełniały rolę trójkątnego bastionu. W związku z tym w latach 1600-1613 podjęto prace mające na celu przebudowanie pozostałości zamku, który teraz miał zabezpieczać miasto od strony południowej. W wyniku tychże prac dosypano warstwę ziemi tworząc szaniec. W Gdanisku urządzono skład prochów. Za Gdaniskiem po stronie wschodniej utworzono oficynę, w której prawdopodobnie wytwarzano proch. Budynek ten przetrwał do lat 80-tych XX wieku. Kolejną decyzją Rady Miasta było zabudowanie części przedzamcza na tzw. obniżeniu północnym. Podzielono rejon ten na 14 działek, z których jedną przeznaczono na szpital Marii Magdaleny, natomiast 5 następnych zamieniono na spichrze, które spłonęły podczas oblężenia w 1703 roku. W 1640 roku na terenie zamkowym istniały: mennica, młyn zbożowy i farbiarnia. W XVII wieku obszar zamku całkowicie zdominowany został przez garbarzy i farbiarzy, którzy wykorzystywali Strugę Toruńską do produkcji swoich wyrobów. W XVIII wieku powstała na terenie przedzamcza północnego willa nazwana później Generałówką.

Wiek XIX to przebudowa muru południowego biegnącego wzdłuż Wisły pochodzącego z 1613 roku oraz Bramy Menniczej. Zamurowano również Bramę Młyńską. W okresie tym zamek służył częściowo jako cmentarz. W latach 1818-1819 przeprowadzono tutaj pierwsze badania archeologiczne. W końcu XIX i początkach XX wieku przebudowano Dwór Mieszczański nadając mu nowy wygląd. Górne przedzamcze niemal całkowicie zabudowano, na przedzamczu północnym wzniesiono nowy szpital wykorzystując większą część (2/3) terenu dawnego szpitala krzyżackiego. Młyn zamkowy zamieniono w połowie na mieszkania (obecnie hotel). Natomiast zamek główny praktycznie zasypano. Porośnięty drzewami i krzewami służył jako park. W dwudziestoleciu międzywojennym Generałówka stała się miejscem pobytu Wiktora Thommee, generała, który podczas kampanii wrześniowej wsławił się obroną twierdzy Modlin. Młyn zamkowy całkowicie zamieniono w dom mieszkalny. W roku 1937 przeprowadzono kolejne badania archeologiczne na terenie zamku pod kierownictwem Jacka Delekty. Niestety nie zachowała się dokumentacja z tychże badań, zaginęła podczas wojny. Natomiast Delekta zamordowany został przez hitlerowców w obozie koncentracyjnym. W latach 1958-1966 kontynuowano prace archeologiczne pod kierownictwem Jadwigi Chudziakowej. Usunięto warstwy ziemi i gruzu. Odsłonięto dziedziniec i podziemia, gdzie zrekonstruowano stropy, natomiast relikty murów odremontowano.

W ganku Gdaniska zrekonstuowano dach nadając mu pierwotny gotycki kształt. W 1965 roku na dawnym terenie przedzamcza od strony Wisły powstał budynek – kawiarnia zamkowa. Po przeprowadzeniu badań archeologicznych, od lat sześćdziesiątych do dziewięćdziesiątych, zamek funkcjonował jako oddział Muzeum Okręgowego w Toruniu. W 1997 roku ruiny zamku wraz ze Starym Miastem wpisano na Listę Światowego Dziedzictwa UNESCO. W roku 2007 stworzono nową jednostkę: Centrum Kultury Zamek Krzyżacki, która przejęła obiekt od Muzeum Okręgowego i obecnie opiekuje się nim. W latach 2007 i 2008 zamek poddano częściowej konserwacji. Położono posadzkę w ganku Gdaniska odremontowano dach Gdaniska oraz zabezpieczono fundament wieży. W lipcu 2008 na terenie zamku przeprowadzono kolejne badania archeologiczne pod kierownictwem dra Adama Chęcia.